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La criptografía viene empleándose en el diseño de Malware casi desde antes que se empleara en el diseño de SOFTWARE legitimo
Inicialmente se utilizó como una protección frente a la ingenieria inversa y contra la detección mediante cadenas y patrones: El virus cifraba su código mediante una clave y una operación sencilla, reversible, como puede ser un simple cifrado XOR con clave aleatoria.